Setelah menyelesaikan studi, lulusan Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam UMM dapat menekuni pada berbagai pilihan profesi, yaitu :
- Pendidik (guru/dosen) PAI, untuk meningkatkan profesi ini dengan didukung mata kuliah AIK, Filsafat Pendidikan Islam, Teori-teori Pendidikan Islam, Sejarah Sosial Pendidikan Islam, Kajian Interdisipliner Pendidikan Berbasis Al-Qur’an dan Al-Hadits dan Pendidikan Nilai.
- Peneliti PAI, untuk meningkatkan profesi ini dengan didukung mata kuliah Metodologi Penelitian PAI, proposal Tesis, Seminar Hasil Penelitian dan Tesis. Mata Kuliah ini disajikan, agar mahasiswa memiliki kemampuan untuk mengelola riset dan pengembangan yang bermanfaat bagi masyarakat dan keilmuan, serta mampu mendapat pengakuan nasional dan internasional
- Inovator Pembelajaran PAI, untuk meningkatkan profesi ini dengan didukung mata kuliah Inovasi Kurikulum dan Pembelajaran PAI, Pengembangan Bahan Ajar dan Media PAI, Manajemen dan Kepemimpinan Pendidikan Islam, Pengembangan Evaluasi PAI.