| No | Semester | Mata Kuliah | SKS |
|---|---|---|---|
| 1 | I | Al-Islam dan Kemuhammadiyahan | 1 |
| 2 | I | Metodologi Studi Islam | 3 |
| 3 | I | Metodologi Penelitian | 3 |
| 4 | I | Studi al-Quran dan al-Hadits | 3 |
| 5 | I | Filsafat Pendidikan Islam | 2 |
| 6 | II | Sejarah Sosial Pendidikan Islam | 3 |
| 7 | II | Pemikiran Pendidikan Islam | 3 |
| 8 | II | Inovasi Pendidikan dan Pembelajaran PAI | 3 |
| 9 | II | Pengembangan Materi dan Media PAI | 3 |
| 10 | II | Proposal Tesis | 1 |
| 11 | III | Pengembanagn Penilaian PAI | 2 |
| 12 | III | Pengembangan Kurikulum PAI | 3 |
| 13 | III | Manajemen dan Kepemimpinan Pendidikan Islam | 3 |
| 14 | III | Manajemen Pelatihan | 3 |
| 15 | IV | Seminar Hasil Penelitian | 3 |
| 16 | IV | Tesis | 6 |
Beban dan Lama Studi
Beban studi yang harus diselesaikan oleh mahasiswa Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam sekurang-kurangnya 42 SKS yang didalamnya terdiri dari mata kuliah wajib dan penulisan tesis, masa studi 1,5 (satu setengan tahun) hingga 4 (empat) tahun.
Gelar Akademik
Program studi Magister Pendidikan Agama Islam memberi gelar kepada lulusannya Magister Agama Pendidikan Islam (M.Pd).